Il Piano di Gestione è uno strumento tecnico-operativo che analizza le varie componenti naturali ed antropiche presenti nel SIC e definisce le strategie e le azioni necessarie alla conservazione di habitat e specie florisitiche e faunistiche da tutelare, attraverso interventi attivi, incentivi, monitoraggi e ricerche, specifici programmi didattici.
Gli obiettivi principali, oltre al mantenimento in uno stato soddisfacente di conservazione di habitat e specie, sono lo sviluppo di un turismo ecosostenibile, il sostegno delle attività tradizionali (agricoltura, forestazione ecc., spesso essenziali alla conservazione degli habitat) e l'attuazione di iniziative in campo culturale, educativo e di utilizzo sociale del territorio.
La Direttiva “Habitat” 92/43/CEE stabilisce infatti che gli Stati membri dell'Unione individuino le misure di conservazione necessarie attraverso opportuni regolamenti e specifici Piani di Gestione.
Il Parco delle Orobie Valtellinesi, in qualità di ente gestore, ha ottenuto dalla Regione Lombardia l'accesso ai finanziamenti previsti dal Piano di Sviluppo Rurale per l'elaborazione dei Piani di Gestione, ed ha avviato il processo di pianificazione di dieci Siti Rete Natura 2000, fra cui il SIC IT2040030 - Val Madre.

Il Piano di Gestione del SIC è stato approvato con deliberazione dell'Assemblea consortile del 13 settembre 2010, n. 37.